2D structure prediction

本周學習到利用不同網站查詢protein structure



首先先到NCBI裡頭查詢欲知protein name



點選物種等selection後 跑出來之最下面有protein sequence 複製這個貼到以下不同網站中作查詢動作

1.PredictProtein

似乎要付錢才能使用的樣子= =


2.PSIPRED predictions

輸入sequence之後 最下面要有e-mail, password and a name方可進行 底下即結果

3.Jpred3

有多種型式可觀看

Java manner

HTML form

4.SABLE predictions

after entering a name and sequence, 經過一段時間後.....結果出現

BOND & Reactome

之前有提到的兩個網站在這邊稍微試了一下

1.BOND  進去的頁面 利用自己的e-mail帳號密碼登入

 

輸入要查詢的東西

  

跑出之結果可一次呈現20~50不等數量 裡頭也可分為sequence. interactions. pathways and complex等
我所輸入之FUT8只有sequence資料而已



比較多結果之TP53就可以看到每種類別都有結果



2.Reactome頁面 

左上角空格處填入欲查詢東西

跑出之結果可分為protein, pathway and interaction 三大類別

分別可以點進去看看 protein部分

上面兩個圖是pathway關係圖 圖可以利用滑鼠作放大縮小之動作看其詳細情況

這兩圖則是所參與之相關rection map