2D structure prediction

本周學習到利用不同網站查詢protein structure



首先先到NCBI裡頭查詢欲知protein name



點選物種等selection後 跑出來之最下面有protein sequence 複製這個貼到以下不同網站中作查詢動作

1.PredictProtein

似乎要付錢才能使用的樣子= =


2.PSIPRED predictions

輸入sequence之後 最下面要有e-mail, password and a name方可進行 底下即結果

3.Jpred3

有多種型式可觀看

Java manner

HTML form

4.SABLE predictions

after entering a name and sequence, 經過一段時間後.....結果出現

BOND & Reactome

之前有提到的兩個網站在這邊稍微試了一下

1.BOND  進去的頁面 利用自己的e-mail帳號密碼登入

 

輸入要查詢的東西

  

跑出之結果可一次呈現20~50不等數量 裡頭也可分為sequence. interactions. pathways and complex等
我所輸入之FUT8只有sequence資料而已



比較多結果之TP53就可以看到每種類別都有結果



2.Reactome頁面 

左上角空格處填入欲查詢東西

跑出之結果可分為protein, pathway and interaction 三大類別

分別可以點進去看看 protein部分

上面兩個圖是pathway關係圖 圖可以利用滑鼠作放大縮小之動作看其詳細情況

這兩圖則是所參與之相關rection map

OMICS(String)

本周學習到查詢protein-protein interaction之方法與其他相關資訊

首先進入STRING頁面



最上頭可選擇輸入欲查詢之單一protein name, sequence or多種protein ,輸入完成後按GO!



在前面步驟中可直接挑選物種或是於此搜尋完之結果再進行選擇(本次選擇人類)

                              

進來之後可看到FUT9與相關之protein的STRING interaction network



不同顏色之線條代表不同的相關性與作用以及其分數



這邊可以調整不同的parameter來做觀察其變化


上面的不同protein之間連結可點進去看更深入的information 裏頭也可連結到相關的研究文獻紀載(evidence-show-PudMed)

example:Fut4與Fut9之間的interaction相關文獻



還可以點選每個結果之protein了解其更多資訊



ex:可看到相關之related sequence

or 更多GeneCard內的資訊

有genomic view, protein domain/family, gene function, pathway/interaction等等

有些還可看出其structure與domain



中間這幾個圖示更可以進去看其不同view

ex:Ffusion view

ex: Occurence view 依據不同機率而有不同顏色表示





更可從text mining這而找出相關研究及期刊

CLC and Bioedit

1.首先要用CLC MainWorkbench來對分段的sequence作連接

import5段sequence

 選擇上頭選項ToolBox中General sequence analyses> Join sequences

選擇要combine的sequences (sequence 1-5)

再進行排序

結果出來了~ 而且還附加restriction enzyme切的位置

將其export出FASTA檔案

 2.接著上NCBI查詢是否真的有blast到東西

於首頁點選blast功能頁面

選擇blastn(第一個)

把剛剛殂存之fasta檔匯入 點選於新視窗開啟

結果就出來嘞~ 最接近此條sequence的是human insulin (INS) mRNA 裡頭還有另外不同之相類似之結果

點選最為相接近之human insulin (INS) mRNA 可看出其blast, 並儲存FASTA檔案作為Bioedit用途

 3.BioEdit

開啟頁面

匯入由NCBI blast中儲存之檔案

開始工作~