OMICS(String)

本周學習到查詢protein-protein interaction之方法與其他相關資訊

首先進入STRING頁面



最上頭可選擇輸入欲查詢之單一protein name, sequence or多種protein ,輸入完成後按GO!



在前面步驟中可直接挑選物種或是於此搜尋完之結果再進行選擇(本次選擇人類)

                              

進來之後可看到FUT9與相關之protein的STRING interaction network



不同顏色之線條代表不同的相關性與作用以及其分數



這邊可以調整不同的parameter來做觀察其變化


上面的不同protein之間連結可點進去看更深入的information 裏頭也可連結到相關的研究文獻紀載(evidence-show-PudMed)

example:Fut4與Fut9之間的interaction相關文獻



還可以點選每個結果之protein了解其更多資訊



ex:可看到相關之related sequence

or 更多GeneCard內的資訊

有genomic view, protein domain/family, gene function, pathway/interaction等等

有些還可看出其structure與domain



中間這幾個圖示更可以進去看其不同view

ex:Ffusion view

ex: Occurence view 依據不同機率而有不同顏色表示





更可從text mining這而找出相關研究及期刊

CLC and Bioedit

1.首先要用CLC MainWorkbench來對分段的sequence作連接

import5段sequence

 選擇上頭選項ToolBox中General sequence analyses> Join sequences

選擇要combine的sequences (sequence 1-5)

再進行排序

結果出來了~ 而且還附加restriction enzyme切的位置

將其export出FASTA檔案

 2.接著上NCBI查詢是否真的有blast到東西

於首頁點選blast功能頁面

選擇blastn(第一個)

把剛剛殂存之fasta檔匯入 點選於新視窗開啟

結果就出來嘞~ 最接近此條sequence的是human insulin (INS) mRNA 裡頭還有另外不同之相類似之結果

點選最為相接近之human insulin (INS) mRNA 可看出其blast, 並儲存FASTA檔案作為Bioedit用途

 3.BioEdit

開啟頁面

匯入由NCBI blast中儲存之檔案

開始工作~

Mascot Search

                      本周學習到分析protein sequence之方法(主要適用於MS analysis) 

首先進入Mascot Search網頁頁面 首先可以先看給的範例



範例之結果 可看到Mas score之分佈



點選score最高者 看其內容物為何



點進去可看到其中詳細的資訊    



輸入名稱 電子郵件 與改一些設定

 與改一些設定(database, enzyme, modifications, mass rage etc.)

按下start reseach後 結果就會跑出來了 裏頭也有score分布之情形

結果發現是mixture

                                         

Gene ontology

-點選UniProtKB 裏頭很多nfrmation

                                              -including isoform and sequence description

-還有protein interaction等更多database 

 

 

-上方右邊有許多term可以選擇

 -點選其中一個項目 可看他其對應的GO

 -右邊的graphic tree更進一步看出其之間的關係

最後的關係圖就跑出來了~