OMICS(String)

本周學習到查詢protein-protein interaction之方法與其他相關資訊

首先進入STRING頁面



最上頭可選擇輸入欲查詢之單一protein name, sequence or多種protein ,輸入完成後按GO!



在前面步驟中可直接挑選物種或是於此搜尋完之結果再進行選擇(本次選擇人類)

                              

進來之後可看到FUT9與相關之protein的STRING interaction network



不同顏色之線條代表不同的相關性與作用以及其分數



這邊可以調整不同的parameter來做觀察其變化


上面的不同protein之間連結可點進去看更深入的information 裏頭也可連結到相關的研究文獻紀載(evidence-show-PudMed)

example:Fut4與Fut9之間的interaction相關文獻



還可以點選每個結果之protein了解其更多資訊



ex:可看到相關之related sequence

or 更多GeneCard內的資訊

有genomic view, protein domain/family, gene function, pathway/interaction等等

有些還可看出其structure與domain



中間這幾個圖示更可以進去看其不同view

ex:Ffusion view

ex: Occurence view 依據不同機率而有不同顏色表示





更可從text mining這而找出相關研究及期刊